隠し要素

アンロック要素	条件	-
アイコン追加1	水晶ドクロを30個全て集める	骸骨顔のゲーマーアイコンが選択可能に。＋Chapter13で「巨人の水晶ドクロ」を入手できる (ドクロ1個につき敵キルカルマ+3％ずつ加算、全取得で+90％、全取得+水晶ドクロ入手で+100％)
アイコン追加2	超忍への道をクリア	リュウ・ハヤブサの横顔のゲーマーアイコンが選択可能に
コスチューム1	任意の難易度でクリア	「ダークブラッド」選択可能に
コスチューム2	強者の道をクリア	「20式」選択可能に
コスチューム3	悟りの道をクリア	「ブラックジャガー」選択可能に
コスチューム4	超忍への道をクリア	「トライバルスピリット」選択可能に
難易度「悟りの道」	強者の道をクリア	難易度「悟りの道」選択可能に
難易度「超忍への道」	悟りの道をクリア	難易度「超忍への道」選択可能に
白黒フイルム	任意の難易度でクリア	オプション→画面設定から変更可能。ゲーム画面が白黒フィルム風になる
サウンドテスト	任意の難易度でクリア	オプション→サウンド設定から変更可能。ゲーム中のBGM(全59曲)が聴けるようになる
ステータス引継ぎ	任意の難易度でクリア	クリアしたセーブデータをロードしてYESを選ぶと、体力・気力・武器・武器レベル・忍法・忍法レベルとアイテムを全て引き継いでChapter1から2周目可能。ただしクリアした難易度のみ可能で、ランキング掲載不可能。
武器のみ引継ぎ	任意の難易度でクリア	NEW GAMEを選び、クリアした難易度で始めてYESを選ぶと、レベル1の武器や忍法を引き継いでChapter1から2周目可能。クリアした難易度のみ。ランキングは掲載可能。

ゲーム中における小ネタ

1．隼の里の射撃台

隼の里の倉庫前にある的。
前作同様、弓矢で真ん中に矢を当てるとエッセンスが出る。
Chapter11で再び来た時に可能。引継ぎ2周目ならChapter2でも可能。

2．ムービー中の返り血

ゲーム中のリアルタイム処理されているので、ムービー中に武器に血が付いた場合は
血がついた直後にムービーをスキップすると、武器に血が付いた状態で再開する。
Chapter5開始ムービーの人狼を切り捨てた直後スキップや、Chapter8のゴドモス戦後など。

3．巌龍・伐虎

背中・右手の白紐が伐虎、腰・左手の黒紐が巌龍。
理由はNINJA GAIDEN Σにおける巌龍・伐虎コマンド一覧で、Xが伐虎袈裟、XXが厳龍袈裟という技名の為。
龍剣・邪神剣だと、邪神剣が伐虎、真龍剣が巌龍に相当。

4．ジョウ・ハヤブサの武器は伐虎

Chapter2で登場するリュウ・ハヤブサの父ジョウだが、使っている武器は巌龍・伐虎の伐虎。
独特の穴開き鍔部分、白い紐から。Chapter4で入手する巌龍・伐虎との関連は不明。
ただのグラフィック使いまわし説も。

5．風車手裏剣絶技

[欠損・滅却できるタイプの敵][まだ欠損していない状態][攻撃中やジャンプ中じゃない状態]
の敵に当てると確実に頭or胴体切断で即死効果のある風車手裏剣MAX絶技。
だが、手元から放った直後にダメージを受けると通常攻撃判定になるよう。
攻撃力や効果は絶技時と同じだが、その状態で倒した敵からは普通に青エッセンスが出たりする。

5．特殊ボイス

ファイヤーアルマジロ相手に、鎖鎌で滅却した場合
恐らくここでしか聞けない、専用の攻撃ボイス。

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